、改变了调入地区地下水补给条件，引起地下水位升高。若调水灌溉的排水系统处理不当，会造成土地盐碱化、沼泽化。
、改变了调入地区水生和陆生动植物的生态环境、栖息条件，相应动植物的种群、数量也会发生一定的变化；生态环境的改变也会影响调入区土地的利用。
、改变了调入地区水文和径流状态，从而改变了水质、水温及泥沙输送条件。例如引黄入淀（白洋淀）工程、引黄济青（青岛）工程，黄河泥沙改变了原有的河流水沙输送匹配关系，加大的含沙量会引起河道淤积并影响水质。
、如调水时不注意对水质的控制，可能造成调入地区介水疾病的传染，影响人们健康。