B
《合同法》第19条规定,有下列情形之一的,要约不得撤销:(一)要约人确定了承诺期限或者以其他形式明示要约不可撤销;(二)受要约人有理由认为要约是不可撤销的,并已经为履行合同作了准备工作。《合同法》第20条规定,有下列情形之一的,要约失效:(一)拒绝要约的通知到达要约人;(二)要约人依法撤销要约;(三)承诺期限届满,受要约人未作出承诺;(四)受要约人对要约的内容作出实质性变更。本题中,因为甲公司的要约中规定了承诺期限,所以要约不得撤销,要约也就不可能因为甲公司要撤销要约而失效,故排除A、C两项。“6月13日,甲公司收到乙公司的回复,乙公司表示红木缺货,问甲公司能否用杉木代替。”这实际上是乙公司对甲公司的要约内容作出了实质性变更,已经属于新要约,因此甲公司关于订购红木的要约在6月13日失效,失效的原因是乙公司对要约的内容作出实质性变更,故排除D项,B项正确。