根据《水利工程建设程序管理暂行规定》（水建[1998]16号），水利工程质量由（）负全面责任。

B
根据《水利工程建设程序管理暂行规定》（水建[1998]16号），建设实施阶段是指主体工程的建设实施，项目法人按照批准的建设文件，组织工程建设，保证项目建设目标的实现。在建设实施阶段的一项主要工作是：要按照"政府监督、项目法人负责、社会监理、企业保证"的要求，建立健全质量管理体系。 水利工程质量由项目法人（建设单位）负全面责任。监理、施工、设计单位按照合同及有关规定对各自承担的工作负责。质量监督机构履行政府部门监督职能，不代替项目法人（建设单位）、监理、设计、施工单位的质量管理工作。水利工程建设各方均有责任和权利向有关部门和质量监督机构反映工程质量问题。 水利工程项目法人（建设单位）、监理、设计、施工等单位的负责人，对本单位的质量工作负领导责任。各单位在工程现场的项目负责人对本单位在工程现场的质量工作负直接领导责任，工程技术负责人对质量工作负技术责任，具体工作人员为直接责任人。故本题应选B。